Metronidazol hiện vẫn là lựa chọn ưu tiên trong điều trị nhiễm khuẩn vi khuẩn kỵ khí. Trước đây, thuốc này bị chống chỉ định ở phụ nữ cho con bú do khả năng gây độc trên di truyền và gây đột biến ở vi khuẩn, gây ung thư trên một số động vật thí nghiệm và có thể gây đột biến trên người.